C’est le 26 août 2000, année du jubilé du millénaire, que le père Ssekajugo fut ordonné prêtre dans sa paroisse natale de Notre-Dame-du Mont-Carmel, à Bethléem, en Ouganda. Le jour suivant, il y célébrait sa première messe. Pour lui, cette célébration demeure la fête la plus importante de sa vie. Plusieurs prêtres proviennent de sa paroisse, mais aucun autre n’y a été ordonné. Il a reçu tous les sacrements dans sa paroisse natale, mais son travail missionnaire a été accompli hors de son pays. Après son ordination, on lui a demandé d’aller œuvrer en Colombie, là où il avait fait ses études de théologie. Il a principalement travaillé dans les zones périphériques de Colombie, auprès des peuples autochtones du Cauca et de la forêt amazonienne. Son travail d’évangélisation consistait à célébrer les sacrements, visiter les familles, défendre les droits humains et libérer les personnes retenues par les rebelles. Il a aussi œuvré pour préserver la maison commune, maintenir le dialogue interreligieux entre le christianisme et les religions traditionnelles et la vision du monde autochtone. Puis, il a été envoyé en Amérique du Nord où il a travaillé comme pasteur associé dans le New Jersey et en Californie, et comme pasteur à Toronto. Depuis juin 2022, il est supérieur de la Délégation de l’Amérique du Nord.
Félicitations et heureux anniversaire !